Tiene su origen en la creación del Museo de Historia Natural en 1790, cuando es reunida una biblioteca con el decomiso hecho al jesuita Boturini expulsado en 1764.
A lo largo del siglo XIX fue adquiriendo compras especiales y aumento de acervo.
Ya en el siglo XX las gestiones de Antonio Pompa y Pompa fueron importantes incluida una nueva sistematización del acervo con la homologación al empleado por la Biblioteca del Congreso de Washington, Estados Unidos.
Contiene un estimado de 400 mil volúmenes y abarca desde códices del siglo XVI hasta la producción historiográfica más actual.
El fondo reservado por los anteriores a 1940, las colecciones especiales de Pablo González Casanova, Federico Gómez de Orozco, Luis González Obregón, Ignacio Ramírez y Alfonso Caso.