Hizo las campañas de la guerra contra la Confederación Perú-Boliviana, donde ascendió a teniente, y fue nombrado comandante del bergatín Janequeo.

[1]​ Desempeñó varias misiones en el Estrecho de Magallanes y realizó importantes estudios e investigaciones en las tierras australes.

Al llegar a Punta Arenas fue hecho prisionero de nuevo y fusilado por Cambiaso.

Su victimario murió fusilado en Valparaíso al año siguiente, ajusticiado por las autoridades civiles del país.

Muñoz Gamero era persona muy ilustrada, sobre todo, tenía un gran conocimiento en idiomas fueguinos y dejó inconcluso un Diccionario Patágonico.