Cercano a las orillas del río Genil, y enmarcado dentro de la Subbética Cordobesa.
Hallazgos en cerro Barrero en el alfar de El Tejar, así como la estela funeraria en el Dehesa Encina el Cuervo.
Pero Benamejí se consolida en el siglo IX cuando el emir Abd Allah construyó su fortaleza llamada Banu Bashir (en árabe: بنو بشير), actualmente conocida como castillo de Gómez Arias o castillo de Benamejí, fortificada más tarde por Abd ar Rahman III.
En 1240 Fernando III conquistó Benamexir y en 1254 fue donada por Alfonso X a la Orden de Santiago.
De esta época data el puente renacentista construido por el arquitecto Hernán Ruiz II.
Durante esta estancia provisional, que duraría cuatro años, realizó distintos desplazamientos por el sur peninsular.
La literatura histórica sobre el bandolerismo ha utilizado a Benamejí como un punto importante de actuación en el siglo XIX.
El paso por el puente para vadear el río, en el camino de Córdoba a Málaga, y su entorno entre colinas facilitaban las cosas para tender emboscadas.
Pedro Alcalde Heredia, un antiguo jornalero que había nacido en Los Villares, es apresado y trasladado a Jaén, donde intentan ahorcarlo, pero al no disponer de verdugo, deciden fusilarlo y posteriormente colgar el cadáver del patíbulo.