Al salir trabajó con los candidatos opositores a la reelección del general Reina Barrios, Próspero Morales y José León Castillo, principalmente, pero no lograron que este extendiera su gobierno.

Después del asesinato de Reyna Barrios, siguió ejerciendo su profesión; pero cuanto tuvo que defender a su hermano Abraham contra unos miembros del gobierno de Manuel Estrada Cabrera en 1906, se vio obligado a abandonar el país.

Baudilio Palma se desempeñaba como Secretario de Hacienda y Segundo Designado a la Presidencia del presidente general Lázaro Chacón González[1]​ cuando este sufrió un derrame cerebral que ya no le permitió seguir al frente del gobierno.

A estos actos, estuvo presente el Director General de la Policía, coronel Herlindo Solórzano.

Tal medida obedece a la repentina gravedad del Primer Magistrado de la Nación y trae consigo acontecimientos que debe conocer el país para la mejor inteligencia del trascendental ejercicio político y administrativo de Guatemala.

Por consiguiente, urge que la Nación toda aporte su colaboración más espontánea y sus mejores devociones para que aquel derecho de desarrollo individual no sufra mengua en el país y para que la obra de reconstrucción comenzada por el Presidente Chacón siga su curso sin obstáculo de ninguna especie.

Quiero creer que en vista de las circunstancias actuales, si no por homenaje a la persona encargada de la Primera Magistratura, por respeto a la Nación misma, todos los elementos de trabajo y de experiencia concurrirán a fortalecer la vida administrativa del Estado; y aprovechando la oportunidad que me ofrece tan elevado servicio, protesto al país mi desinterés en la causa administrativa que asumo,, mi compromiso solemne de mantener el orden social a toda costa -para lo cual cuento con el concurso del Ejército que así me lo ha expresado por medio de sus Jefes- y mi permanencia en el Poder mientras prevalezcan las circunstancias que me han elevado a él y hago votos fervorosos porque la colaboración pública sea la que en realidad haga gobierno y patria.

Tras la lucha que se desencadenó, Palma presentó su renuncia y fue detenido.