Batalla de la defensa de Comayagua

José Nicolás Irías Midence en su descontento buscó asociarse con personalidades que pudieran hacer efectiva su posición; uno de ellos fue Juan Lindo, representante por Choluteca, que además pidió la disolución del Senado de Honduras.Entretanto el Vicario nombró al Teniente Coronel José Ignacio Córdova como Comandante de las Fuerzas en Tegucigalpa, así también se prepararía para cualquier evento armado y mientras tanto, incito a los clérigos a que obraran misa en contra de Dionisio de Herrera, el pueblo hondureño en su mayoría fanáticos e ignorante empezaron a realizar turbas y manifestaciones contra el gobierno de Herrera, a tanto que le prendieron fuego a su biblioteca privada, enriquecida con sendos tomos de lectura y educación académica, en su mayoría en idioma francés.El comandante del Ejército de Honduras y leal a Dionisio de Herrera era el Coronel Antonio Fernández, quien al ser avisado de que el enemigo se encontraba cercando la ciudad y como les superaban en números, ordenó se atrincherara la plaza y se protegiera la sede de mando donde se encontraba Herrera.Mientras, el ejército invasor buscó e hizo prisionero al licenciado Herrera.Por otra parte, algunos oficiales y funcionarios lograron huir de Comayagua, entre ellos se encontraban el coronel Remigio Díaz, José Antonio Márquez, José María "Chema" Gutiérrez y el propio Francisco Morazán que lograron llegar a Tegucigalpa.