Los conflictos esporádicos continuaron hasta el fin de la guerra, período durante el cual varios japoneses murieron a causa del hambre y las enfermedades.

Morotai comenzó a utilizarse como base Aliada poco después del desembarco, y para octubre los dos aeródromos más grandes ya estaban listos para su uso.

Tanto los aeródromos como otras instalaciones desarrolladas en la isla jugaron un papel clave en la liberación de Filipinas durante 1944 y 1945.

Los botes torpederos y aeronaves estacionados en Morotai también sirvieron para hostilizar posiciones japonesas en el resto de las Indias Orientales.

Morotai es una pequeña isla ubicada al norte del archipiélago de las Molucas, pertenecientes a Indonesia.

Al interior la mayor parte del terreno es accidentado y está cubierto por una espesa jungla.

Dos playas en el suroeste de la isla se consideraron apropiadas para desembarcar, las que pasaron a llamarse Red y White.

[10]​ Al momento del desembarco de los Aliados, Morotai era defendida por aproximadamente 500 soldados japoneses.

[16]​[17]​[18]​ Los ataques previos para reprimir las fuerzas japonesas cercanas a Morotai comenzaron en agosto de 1944.

El viaje fue tranquilo y el grupo llegó a la isla la mañana del 15 de septiembre sin ser detectado por los japoneses.

Los buques aliados bombardearon por dos horas la zona de desembarco para reprimir cualquier fuerza japonesa posicionada allí.

El bombardeo incendió varias poblaciones nativas y ya que los japoneses no tenían muchos hombres en el lugar, las bajas fueron pocas.

[24]​ La primera oleada de tropas estadounidenses desembarcó en Morotai a las 8:30 a. m. y no encontró oposición alguna.

Una vez en tierra, las tropas de asalto se formaron en sus unidades tácticas y comenzaron a avanzar rápidamente hacia el interior.

[27]​ La falta de resistencia fue fortuita para los Aliados, ya que inesperadamente las playas estaban en malas condiciones.

[28]​ Antes de la invasión, la inteligencia había sugerido que las playas Red y White eran aptas para un desembarco anfibio, pero realmente eran altamente inadecuadas para llevar a cabo el ejercicio.

Esto retrasó la operación e hizo que se dañara una gran parte del equipamiento.

Estas operaciones generalmente no presentaron oposición, aunque las patrullas que desembarcaron al norte de Morotai hicieron contacto con pequeños destacamentos japoneses.

Posteriormente, muchos nativos proporcionaron al NICA información sobre las disposiciones japonesas en Morotai y Halmahera, mientras que otros actuaron como guías para las patrullas estadounidenses.

Las fuerzas estadounidenses continuaron patrullando intensamente hasta el 4 de octubre, cuando se declaró a la isla como «segura».

[33]​ Las bajas norteamericanas durante la ocupación inicial de Morotai fueron 30 muertos, 85 heridos y un desaparecido.

Los seis portaviones de escolta se quedaron para apoyo, pero sus aeronaves tuvieron poca participación.

[36]​[37]​ Horas después, un TBF Avenger que salió del portaaviones USS Midway atacó el submarino USS Seawolf a 32 km al norte de donde había sido torpedeado el Shelton, pues creyó erróneamente que ese era el submarino responsable del ataque.

[42]​ Para construir estas instalaciones, la task force Tradewind incluía 7000 ingenieros, de los cuales el 84% eran estadounidenses y el resto australianos.