Diez años después, se cancelaron los entierros en las catacumbas de San Francisco, a partir de ese momento se realizarían en el Cementerio General.

En 1946, San Francisco fue restaurada respetando la estructura original del antiguo templo.

El templo es de una sobriedad notable en cuanto a sus muros internos y a la ornamentación de la fachada, mientras el lujo se concentra en los retablos.

San Francisco sigue la estructura común a los templos católicos según las ideas del siglo XVI: un atrio para la congregación de fieles, una Puerta principal que representa el ingreso a la Salvación y al cuerpo de Cristo, una nave central como camino del pueblo cristiano a la Salvación, un primer arco desde donde se escucha la Palabra de Dios y un segundo que representa la Redención.

De lado de la calle Arce, las imágenes poseen sus propias capillas en nichos dentro del muro, mientras que del lado del convento los retablos están colocados directamente sobre la nave central y no poseen espacio para la oración de los fieles.