La basílica, situada en ese mismo lugar, pero con distinta forma y disposición queda documentada en 1346; ya en esa época tenía un hospital anejo (más propiamente un asilo) hacia el que consta la donación que hizo un vecino a su favor en 1300.

[6]​ En época medieval la zona en que se sitúa la basílica, dentro del Burgo de San Cernin, se conocía como la Pobla Nova del Mercat y también como Barrio de las Burullerías.

[7]​ Sin embargo pronto ese barrio fue conocido popularmente como Santoandía, precisamente por el tamaño de la imagen ("andia" en vascuence significa grande o mayor), que cuando salía en procesión era llevada en un carro.

La basílica ocupaba una posición bastante central en el barrio, pues hasta mediados del siglo XVII no se construyó el actual convento de los Carmelitas y por ese lugar se extendía también el barrio.

[9]​ La actual plaza se produjo a comienzos del siglo XX, pues en el lugar que ahora ocupa existía un matadero de cerdos, eliminado cuando en 1908 se construyó un matadero municipal donde se agruparon los que antes estaban distribuidos por la ciudad; siglos anteriores en esa zona existían varis casas con sus pequeñas huertas.

En 1858 la ermita debió de cerrarse al público pues estaba debajo de una edificación ruinosa, la del hospital; tras el derribo del edificio se reconstruyó la basílica con una sola planta; todavía en 1895 se intentó una nueva ampliación que no llegó a realizarse.

[9]​ Hasta 1987 se mantuvo ese pequeño edificio que mostraba en su fachada una puerta con arco de medio punto, y una ventana ajimezada.