Fue construida en honor a la Virgen a la que San Juan Bosco tuvo gran devoción, la advocación de María Auxiliadora que celebra su festividad el día 24 de mayo.
[3] En ella además de San Juan Bosco, descansan los restos de Santo Domingo Savio y Santa María Mazzarello.
Junto a la capilla de Santa María Mazzarello hay una escalera que lleva a la cripta o capilla de las reliquias donde se pueden encontrar una gran colección de reliquias.
También destaca un pañuelo manchado de sangre y otros objetos de los mártires salesianos: San Luis Versiglia y San Calixto Caravario.
Se encuentran también en dos altares laterales, los restos de los beatos Miguel Rúa y Felipe Rinaldi, primer y tercer sucesor de San Juan Bosco respectivamente.