Su propósito principal es la investigación pesquera y oceanográfica en el mar peruano a cargo del IMARPE, aunque durante varios años sirvió también como plataforma de acceso a la Antártida, asistiendo a la base antártica peruana Machu Picchu.A partir del 2017, al adquirir el gobierno peruano un buque con capacidad polar para tal fin, el Humboldt retornó a su misión original de servir de manera exclusiva a la investigación pesquera y oceanográfica en aguas peruanas.El BIC Humboldt está implementado con los equipos e instrumentos más modernos de la tecnología científica.En 1989 el BIC Humboldt fue objeto de un reforzamiento del casco, entre otras modificaciones y mejoras después de un accidente frente a la Isla Rey Jorge en la Antártida.Así, en marzo del 2014 el BIC Humboldt completó su vigésima segunda expedición científica a la Antártida.
