En las células viables, con membrana intacta, no se incorpora el azul de tripano; por el contrario, sí atraviesa la membrana de las células muertas.

Por lo tanto, las células muertas se muestran de un distintivo color azul bajo el microscopio (típicamente, empleando una cámara de Neubauer para contarlas).

[3]​ Debido a que las células vivas excluyen al colorante y no se tiñen, este método también se llama método de tinción por exclusión.

El azul de tripano se llama así porque puede matar a los tripanosomas, los parásitos que causan la enfermedad del sueño.

Un análogo del azul de tripano, la suramina, se utiliza farmacológicamente contra la tripanosomiasis.