La empresa se declaró en quiebra y cesó sus operaciones a finales de 2003.
La aerolínea ofrecía vuelos regulares entre las ciudades de Cuenca, Lago Agrio, Macas, Quito y Guayaquil.
[2] Austro Aéreo tenía un número limitado de aviones y tuvo muchos problemas con ellos.
Un avión, un Fairchild Hiller FH-227, quedó en tierra porque no superó una inspección importante.
Los costos de reparación habrían sido muy altos, por lo que Austro Aéreo optó por no repararlo y en su lugar adquirió otros dos aviones.