El edificio, con un estilo arquitectónico art-decó, tiene en su interior valiosos murales y una pinacoteca de arte mexicano.
El primer rector de la universidad fue un destacado exalumno del propio Ateneo Fuente, Salvador González Lobo.
En la parte trasera del edificio principal se ubica el Paraninfo del Ateneo Fuente, que funge como recinto para importantes actividades cívicas, institucionales y principalmente culturales, donde además se han presentado diferentes obras teatrales de reconocimiento nacional.
La planta física se ha modificado y ha aumentado con la construcción de seis edificaciones más.
En fechas recientes, a la infraestructura se le ha incorporado el laboratorio del área de matemáticas.
Cuenta con admirables obras de reconocidos autores como Miguel Cabrera, Rubén Herrera, Pablo Valdés y Pelegrín Clavé, entre otros.
[cita requerida] Reúne aproximadamente 100 muebles que ejemplifican los estilos más característicos del mobiliario ceremonial prehispánico, novohispano y del siglo XIX con influencias españolas, italianas, árabes, inglesas orientales y francesas.