Delegaron su representación las asociaciones de Alicante, Baleares, Castellón, Ceuta, Córdoba, La Coruña, Orense, Pamplona y Zamora.
Durante el Franquismo, la FAPE se convirtió en el órgano que otorgaba los carnets oficiales de periodista y llevaba un control de los profesionales que se dedicaban al periodismo.
Es el órgano máximo de Gobierno y está integrada por los representantes designados por cada asociación federada o vinculada.
Cada cuatro años se procede, en Asamblea General, a la renovación de esta Junta.
Estará compuesta por cinco personas que desempeñarán la Presidencia, Vicepresidencia y tres vocalías.
Sus integrantes serán nombrados por la Asamblea General de la FAPE, a propuesta de la Junta Directiva, en la forma y número que reglamentariamente se determine, entre personalidades pertenecientes al periodismo, al derecho, al mundo académico o a otras actividades relevantes de la vida social.