Iglesias se negó a armar al pueblo inmediatamente, pues temía que hubiera enfrentamientos con los guardias civiles en los diferentes puestos, y ordenó la concentración de guardias civiles en los cuarteles de Jaén, Úbeda, Linares, Andújar, Martos y Villacarrillo.
El Gobierno de la República organizó una columna armada para intentar adueñarse de Córdoba, y se nombró al general Miaja para el mando.
El propio alcalde de Andújar, Pablo Expósito Colomé, recibió en la estación al convoy, y despidió a los guardias civiles y sus familias, que en la tarde del día 18 de agosto tomaron la carretera del Santuario.
No obstante, el Santuario estaba intacto, pues había sido respetado en su integridad.
La situación empezó con total normalidad, ya que los guardias civiles eran considerados afectos a la República, e incluso todos los días bajaba una partida a Andújar, al mando del alférez Carbonell, para abastecerse de provisiones y para recibir atención médica.
En el bando republicano comienzan a pensar que la neutralidad de los guardias civiles del Santuario podía ser una farsa y se sienten engañados.
El día 9 de septiembre Lino Tejada llega a Andújar y se entrevista con el alcalde, los días siguientes hace varias salidas a la sierra.
Mientras se organiza y comienza la evacuación, el capitán Cortés se va indignado al Santuario, pero una algarabía hace que salga a la lonja del Santuario; allí, unos guardias civiles le informan de que al subir algunas de las mujeres y niños a los camiones, para la evacuación, fueron insultadas por unos milicianos, quienes incluso decían que se las llevarían a la fuerza.
Mientras, en la carretera, seguían su camino a Andújar varios camiones, con varios milicianos, y con los mandos republicanos creyendo que seguía la evacuación, incluso había con ellos 32 Guardias, dos cabos, un sargento y sus familias, quienes no tenían idea del incidente y la suspensión de la evacuación.
En el Santuario quedarán unas 1.200 personas de los que unos 165 son guardias civiles.
La cifra exacta nunca se sabrá, pues hay cifras divergentes según las fuentes; el general Luque hablaba de unos 270 hombres combatientes y unos 870 hombres no combatientes, mujeres y niños.
En enero hubo un ataque general contra Lugar Nuevo que fracasó.
La más eficaz fue la 16.ª BM al mando de Pedro Martínez Cartón, que sería a la postre la brigada que culminó el ataque y ganó el Santuario.
Sigue la lucha hasta las 15:00 horas en que una granada hiere gravemente a Cortés.
Los milicianos llegan a la lonja del Santuario y lo ocupan.
El Santuario quedó casi totalmente derruido, y fue reconstruido tras la Guerra Civil.
En 1949 fue rodada una película que relataba los hechos acontecidos durante la contienda, El Santuario no se rinde, dirigida por Arturo Ruiz Castillo.