Se trataba de afrontar una situación pastoral desastrosa: la población no prestaba atención a los preceptos cristianos, la superstición y el espiritismo estaban muy extendidos, la moralidad era inaceptable, faltaban iglesias, escuelas y colegios.

El clero nativo, al comienzo de la diócesis, estaba conformado por dos sacerdotes, Vicente Loor y José María Aragundi.

[4]​ El sucesor de Tola y Avilés fue Pedro Schumacher, quien encontró en 1885 una diócesis todavía sin seminario, sin presencia de órdenes religiosas y con sólo siete sacerdotes diocesanos que debían atender 24 parroquias.

[4]​ La revolución liberal arrasó con todo lo que el obispo Schumacher había logrado construir laboriosamente: los seminarios fueron demolidos desde sus cimientos, los colegios universitarios convertidos en escuelas públicas, las iglesias destruidas.

En 1907 al ser elegido obispo Juan María Riera, habría sido necesario empezar de cero para refundar la diócesis.

Esto tampoco fue posible, porque el obispo, debido al veto del gobierno, tuvo que conformarse con dirigir la diócesis desde Quito, sin poder residir allí.

Se produjo por lo tanto una larga vacante que no finalizaría hasta 1947.

[7]​[1]​ Nicanor Gavilanes Chamorro, obispo de la diócesis entre 1947 y 1967,[3]​ fue quien decidió construir la segunda catedral frente al parque Eloy Alfaro, donde está en la actualidad.

[8]​ José Mario Ruiz Navas, quién se desempeñaba como obispo de Portoviejo, pasó a ser su primer arzobispo.

Para el recibimiento de los restos se celebró una misa solemne en la catedral, presidida por Voltolini, con la participación del por entonces arzobispo de Guayaquil, Antonio Arregui Yarza, y sus respectivos obispos auxiliares.