[2]​ Se trata de la primera diócesis en la tierra firme americana.

En diciembre de ese mismo año el obispo Quevedo, que había regresado a España, falleció cerca de Barcelona.

Posteriormente en 1524 el segundo obispo fray Vicente Peraza trasladó la sede de esta diócesis a la recién fundada Ciudad de Panamá.

Esta reorganización de la Iglesia católica en América, vino acompañada de acontecimientos políticos en los virreinatos y audiencias reales hasta 1546.

Pero al crearse también el Virreinato del Perú y Real Audiencia de Lima esta fue suprimida.

La catedral original fue destruida en 1671, cuando toda la ciudad (hoy conocida como Panamá Viejo) fue incendiada por el pirata Henry Morgan.

La catedral actual fue construida en el Casco Antiguo de Panamá y consagrada en 1796.