Bajo su episcopado, el seminario fue reorganizado, renovándose sus planes de estudio, y fue denominado Colegio de San Agustín y San Diego de Alcalá.

Muchos jóvenes de la alta sociedad estudiaron en este plantel, entre ellos Francisco Javier de Luna Victoria y Castro, que llegó también obispo de Panamá, y Rafael Lasso de La Vega, que fue obispo de Maracaibo y Quito.

[3]​ En esta diócesis estuvo muy activo: publicó un sermón y dos extensas Cartas Pastorales (1733 y 1739); y celebró el 3.º Sínodo Diocesano ordenando imprimir su Constituciones (1738), obra que fue reeditada en 1970.

Luego, el 14 de junio de 1746, fue promovido al arzobispado de Lima, que había quedado vacante el año anterior por fallecimiento del arzobispo José Antonio Gutiérrez de Cevallos.

Se alistó entonces para viajar a Lima y envió una carta al cabildo metropolitano de Lima, anunciándoles su elección y su traslado.