Debido a las presiones del gobierno federal Pedroza se une a la Liga Nacional para la Defensa de las Libertades Religiosas, levantándose en armas a principios de 1927, se calcula que junto al también sacerdote José Reyes Vega contaba con 700 hombres.

En marzo de 1928 junto al general Gorostieta, ataca y toma la plaza de San Juan de los Lagos derrotando a los federales que contaban con mayor y mejor arsenal.

El 16 de marzo de 1929 el Padre Aristeo Pedroza ordenó la ejecución del general Victoriano Ramírez "El Catorce", resolvió cumplir la sentencia en un cuestionado juicio.

A la muerte del general Gorostieta en junio de 1929 reenombra "La Brigada de los Altos" a "La Brigada Enrique Gorostieta", para posteriormente entrar a la ciudad de Tepatitlán.

[3]​ Luego de su muerte fueron asesinados los jefes cristeros del estado de Guanajuato como Luciano Serrano, Primitivo Jiménez y José Padrón; en Zacatecas fueron hechos prisioneros y asesinados casi todos los oficiales cristeros como Pedro Quintanar y Porfirio Mallorquín.