La construcción del Archiginnasio fue comisionada por el papa Pío IV por medio de los legados apostólicos Carlos Borromeo y Pier Donato Cesi, quienes encargaron el proyecto a Antonio Morandi (llamado il Terribilia), que terminó los trabajos de construcción entre 1562 y 1563.

El palacio está estructurado en dos niveles con un pórtico anterior y patio interno que engloba la ex iglesia de Santa Maria dei Bulgari.

Sin embargo, los legisti, considerados estudiantes de primera categoría y un poco presumidos, tenían sus salas a lo largo del corredor principal.

Legisti y artisti subían el piso superior por escaleras distintas ya que no pretendían mezclarse de ningún modo.

El teatro es presidido por una cátedra, donde se sentaba el profesor, cubierto por un baldaquín sujetado por dos esculturas de hombres desnudos y sin piel, llamados "gli spellati" (los despellejados).