Estos aminoácidos están implicados en la unión de la apamina al canal K+ activado por Ca2+.

La apamina es muy rígida debido a los dos puentes disulfuro y los siete enlaces de hidrógeno.

La estructura tridimensional de la apamina se ha estudiado con varias técnicas espectroscópicas: HNMR, dicroísmo circular, espectroscopia Raman, FT-IR.

[5]​ Por alteraciones locales es posible encontrar los aminoácidos que están involucrados en la toxicidad de la apamina.

que la guanidinación del grupo ε-amino de la lisina4 no disminuye la toxicidad.