Entre 1668 y 1672 se desempeñó como teniente de gobernador de Santa Fe, y brevemente fue también gobernador interino del Tucumán en 1681.

En 1680 inició una campaña contra la Colonia del Sacramento, que había sido fundada por los portugueses en el territorio español de la Banda Oriental rioplatense.

La victoria que Vera y Mujica logró sobre el jefe brasileño de Colonia lo llevó a la gobernación del Tucumán.

Asumió el cargo de gobernador del Tucumán en enero de 1681 y su breve gobierno fue un premio por sus servicios a la Corona española.

[2]​ Logró rescatar los restos de unos infortunados misioneros que habían sido secuestrados y muertos por indígenas, entre ellos fray Juan A. de Salinas.