Una vez iniciada la guerra civil, fue llamado por el general jefe de los sublevados Emilio Mola para volver a enrolarse en el Ejército.

En abril de 1938, las tropas de Sagardía se encontraban desplegadas en el frente del Segre, en lo que el propio Sagardía había señalado como una conquista fácil y sin haber encontrado apenas resistencia.

[4]​ Pero ante unas bajas sufridas por su columna tras un ataque republicano, comentó: "Fusilaré a diez catalanes por cada hombre muerto de mi guardia".

[9]​ Al mes siguiente, fue una de las personalidades que recibió a Heinrich Himmler en San Sebastián, durante la visita que el jerarca nazi realizó a España.

[7]​ En el lateral del monumento a la Columna Sagardía en Cilleruelo (provincia de Burgos) se pueden leer distintas inscripciones en las que se mencionan las unidades que formaron parte de la columna y los pueblos y campañas en los que lucharon.