Hacia 1810 una denuncia del Obispo logró que Sáenz fuera encarcelado para ser procesado.

El Cabildo intercedió a favor del presbítero y fue liberado, pero en 1812 Sáenz halló muerto al Obispo de ahí en más siempre se sospechó sobre su relación con la misteriosa muerte de Lue.

Las autoridades religiosas lo enviaron ese año a Luján, en una especie de destierro obligado.

Actuó como representante por la provincia de San Luis ante la Asamblea del año XIII.

Pero persistió en su empeño por actualizar la educación superior del país, todavía muy aferrada a la enseñanza del tipo religioso en detrimento de las ciencias naturales y exactas que por ese tiempo comenzaban estudiarse pero era necesario organizarlas y estructurarlas en una academia.

Aprovechó la impronta educativa del gobernador de Buenos Aires, el brigadier general Martín Rodríguez quien junto a Bernardino Rivadavia, su ministro de gobierno, decidieron su erección.

Su fallecimiento repentino en 1825 le impidió ver a la Universidad por la que él tanto trabajó fortalecida institucionalmente.