Morales ingresó al Colegio Mayor de Nuestra Señora del Rosario, de Santafé en 1795, habiendo estudiado jurisprudencia y letras, y graduándose en 1808.
[5] Participó en la organización y dirección de varias excursiones por el Pacífico, en una de las cuales llegó hasta Buenaventura donde reorganizó las fuerzas sutiles y las terrestres, renovó las defensas del puerto.
[6] Hacia 1819, Antonio Morales fue subcomandante de los ejércitos libertadores cuando se planeó la última fase en el paso del páramo de Pisba, luego fue enviado a las provincias del Socorro y Pamplona para sofocar los últimos reductos realistas.
Por lo que el Libertador nombra a Morales como representante para demarcar la línea divisoria con la provincia de Quito y negociar con las autoridades políticas del sur del país.
En 1809 contrajo matrimonio con Ana María Espinosa y Prieto.