También ha sido vicepresidente de la Conferencia Episcopal Española durante dos mandatos: 2005-2008 y 2017-2020.

Allí permaneció durante los primeros años de su juventud.

[3]​ Inició sus estudios eclesiásticos en el Seminario Conciliar de Valencia donde obtuvo el Bachiller en Filosofía en 1964.

Posteriormente, se trasladó a la Universidad Pontificia de Salamanca, donde en 1968, consiguió la licenciatura en Teología.

En 1971, en la misma universidad, obtuvo el doctorado en Teología, con especialidad en Catequesis.

Los primeros años de su ministerio sacerdotal los desarrolló en Valencia.

Ese año, el Instituto pasó a denominarse «San Dámaso» y Cañizares continuó siendo su responsable, hasta 1992.

Tomó posesión canónica el 15 de diciembre del mismo año.

[5]​ En 2020, presentó su renuncia como lo establece el Código de Derecho Canónico.

[19]​ En la primera quincena de marzo participa como cardenal elector en el Cónclave que conducirá a la elección del papa Francisco, en el que fue uno de los probables sucesores al trono de Pedro; este último, el 16 de marzo siguiente, renueva los nombramientos curiales del cardenal Cañizares donec aliter provideatur ("hasta que se disponga lo contrario").