[4]​[5]​[6]​ La cronología de la construcción y las razones del abandono del edificio, sigue siendo tema de investigación, entre los principales estudiosos se encuentran: John McAndrew, Diego Angulo Iñiguez, George Kubler, José Guadalupe Victoria, y Juan Benito Artigas.

[6]​ La construcción del Convento de los Santos Reyes, pudo empezar en 1539, pero la mayor actividad constructiva duro veinte años, entre 1540 y 1560.

[7]​ Durante muchos años el edificio funcionó como Cárcel Distrital de Metztitlán, la cual no cumplía con las condiciones de seguridad e infraestructura;[11]​ y por estar considerado como inmueble histórico, en ningún momento se pudo modificarlo, por lo que con el tiempo se fue deteriorando.

[14]​ La iglesia presenta tres entradas desde el exterior, dos en su fachada larga, hacia la plaza, y una a los pies del templo, desde el atrio.

[8]​ Tanto hacia el noroeste hacia el sur, el terreno es bastante pendiente, y solo queda en plano la mitad oriental de la fachada norte, que está contigua al ábside de la iglesia.

[8]​ La zona del edificio que está en ruinas corresponde al lado poniente hacia la barranca, el resto conserva las bóvedas de medio punto en su techumbre.

[8]​ Los arcos de los tramos cortos son semicirculares, mientras que los de los largos se deforman en la clave, cuyo intradós se vuelve horizontal para resolver la mayor amplitud del claro.

La crujía sur está formada por un vestíbulo interior y por una habitación amplia; contuvo seguramente las celdas de los frailes.

[8]​ De este rectángulo, nace en el patio y se amplía hacia fuera, sobresalen dos cuerpos más, uno adosado al ala norte que conserva restos de la cocina, lo cual define la posición del refectorio próximo a la esquina noroeste del inmueble.