Este convento todavía se encuentra habitado y adscrito a la Provincia Agustina de México.

[6]​[7]​ La cronología de la construcción y las razones del abandono del edificio, sigue siendo tema de investigación, entre los principales estudiosos se encuentran: John McAndrew, Diego Angulo Iñiguez, George Kubler, José Guadalupe Victoria, y Juan Benito Artigas.

[6]​[7]​ La construcción del convento de los Santos reyes, pudo empezar en 1539, la mayor actividad constructiva duro veinte años, entre 1540 y 1560.

El atrio no ha tenido grandes modificaciones ya que conserva casi la totalidad de los elementos arquitectónicos que les son distintivos: barda atrial almenada, capillas abiertas, capilla posa y cruz atrial.

Sus plantas son casi similares, pero existe una diferencia en cuanto a sus dimensiones y ornamentación.

[16]​ Tiene la iglesia un arco ábside sobre pilastras apareadas con un solo capitel renacimiento: este arco precede a la bóveda de crucería situada antes del presbiterio, el cual se eleva sobre una plataforma a la que se llega por una escalinata central.

[17]​ Los corredores tienen cubiertas de cañón corrido y en los cuatro rincones crucería a la manera ojival.

[17]​ El lado que hace frente al atrio, contiene el pórtico con cuatro arcos de medio punto, cerrado hoyel del extremo oriente; el vestíbulo, el locutorio, destinado al bautisterio y antes capilla de la Virgen de Guadalupe; una pieza angosta donde está el torno y la ropería, con puerta únicamente para el patio del lado oriente.

[17]​ El ala que cierra el cuadrado por el norte, contiene, además de la sacristía, antesacristía y bodega, el cubo de la escalera que conduce al piso superior;[17]​ y una pieza casi cuadrada, probablemente sala "De Profundis", con una puerta a un pasillo que establecía la comunicación entre la huerta al norte y al sur del corredor del claustro, por donde está tapiada en la actualidad.

[20]​ La del centro está ocupada básicamente por relieves; las calles intermedias son de menor anchura y alojan esculturas.

[22]​ En sentido vertical se distinguen tres calles: una central y dos laterales separadas por ocho columnas salomónicas rematadas con capitel corintio.

[23]​ En el primer cuerpo se encuentra un gran nicho con la escultura de San José, quien carga en sus brazos una imagen del Niño Dios.

[27]​ En sentido vertical se distinguen tres calles: la del centro y dos laterales separadas por columnas con capitel corintio.

[28]​ Su estructura consta de un banco, dos cuerpos o registros y un remate, que en este caso, se encuentra perfectamente definido.

[29]​ En el segundo nivel las columnas fueron desplazadas por dobles pilastras que se mantienen en eje con los soportes inferiores.

[29]​ El banco o predela, también se divide en tres calles: la del centro presenta un hueco ocupado por una imagen de la Virgen María, y las laterales se ornamentan con tarjas y relieves de vegetales.

[29]​ Las calles laterales de ambos cuerpos se destinaron para alojar cuatro pinturas, dos por cada lado.

[29]​ En Metztitlán la pintura mural se encuentra en los programas iconográficos desarrollados en la portería, en el claustro y en la escalera.

[31]​ El primero nos presenta una gran pintura mural, que no se conserva en buen estado, y cuyo tema es el Árbol de la Vida, composición alegórica de Cristo en la Cruz, que es un esquema arbóreo con seis roleos enmarcando a otros tantos sacramentos, quedando el bautismo figurado al pie, junto a la taza de la fuente.

[31]​ También en la portería se encuentra la imagen es una Virgen Tota pulcr diseño muy relacionado con el inmaculismo del siglo XVI; la pintura enmarcada con una base y dos columnas corintias a los lados, se encuentra dividida en tres.

La zona inferior del animal con colmillos, garras y lengua en forma de punta.

[31]​ Para el Triunfo de la Castidad se puso como prototipo a José el soñador, que desfila triunfante en primer término, cabalgando sobre un buey; para identificar al personaje se puso en el ángulo superior izquierdo la representación de sus hermanos vendiéndole a unos mercaderes egipcios.