Presenta corona y nuca azules; mejillas negras con una pequeña mancha amarilla bajo el ojo; dorso azul oscuro grisáceo; partes inferiores amarillo dorado y muslos negros.[4] La especie A. melanogenys fue descrita por primera vez por los zoólogos británicos Osbert Salvin y Frederick DuCane Godman en 1880 bajo el nombre científico Poecilothraupis melanogenys; su localidad tipo es: «cerca de San Sebastián, 8000 pies [c. 2440 m], Sierra Nevada de Santa Marta, Colombia».[3] El nombre genérico masculino «Anisognathus» se compone de las palabras griegas «anisos»: desigual, y «gnathos»: mandíbula inferior; y el nombre de la especie «melanogenys» se compone de las palabras griegas «melas»: negro, y «genus»: mejilla.Los amplios estudios filogenéticos recientes de Burns et al.(2014) demuestran que la presente especie es hermana del par formado por Anisognathus lacrymosus y A.