Filogenética molecular

Secuencias conservadas, tales como las del ADN mitocondrial en eucariotas, se espera que acumulen mutaciones a lo largo del tiempo, y asumiendo que estas mutaciones se producen a una tasa constante, proveen un reloj molecular para datar divergencia.

Con la invención del método de Sanger[2]​[3]​ en 1977 fue posible aislar e identificar estas estructuras moleculares.

Una filogenia se puede representar en forma de árbol, el cual contiene nodos que conectan ramas entre sí.

Dependiendo del árbol filogenético, por ejemplo: los nodos podrían representar eventos de especiación, y las ramas, las relaciones entre los diferentes grupos.

En general son técnicas consideradas superiores para los estudios de evolución debido a que los cambios evolutivos están bien reflejados en el código genético.

Las técnicas estadísticas como bootstrap y jacknife ayudan proveyendo la confiabilidad estimada para cada haplotipo dentro de los árboles filogenéticos.

Los métodos de reconstrucción utilizados se basan en las distancias entre los grupos o en los caracteres que determinan las divisiones entre organismos.

Aquellos sitios que se encuentran totalmente conservados o solo una de las secuencias posee una posición variable, no son informativos.

El método de máxima parsimonia es comúnmente utilizado porque aporta resultados razonables a un costo computacional aceptable.

El método de máxima verosimilitud fue desarrollado en 1920 por R. A. Fishcher como una metodología estadística para estimar parámetros desconocidos en un modelo dado.

El método es actualmente utilizado gracias al poder de computo disponible y el incremento en modelos evolutivos moleculares que se han desarrollado.

La utilización de máxima verosimilitud es implementada en software como PHYLIP, MOLPHY, PhyML,[5]​ RAxML y GARLI.

El descubrimiento reciente de la transferencia lateral de genes entre organismos supone una complicación significativa a la sistemática molecular, indicando que diferentes genes dentro del mismo organismo pueden tener diferentes filogenias o historias evolutivas.

La filogenética molecular puede tener sesgos sobre la base de los modelos y supuestos utilizados para construirla.

[6]​ Como es mencionado anteriormente, los árboles filogenéticos son usados para representar "gráficamente" las relaciones evolutivas entre especies.

Por ejemplo, formatos como BAM (por sus siglas en inglés "Binary Alignment/Map"), son secuencias genéticas, y se utilizan para leer alineamientos (alignments, más información en [8]​).

La librería ips,[14]​ mediante la función MAFFT (Multiple Alignment using Fast Fourier Transform), permite alineamiento de las secuencias obtenidas.

Librerías como adegenet[16]​y phytools[17]​ofrecen herramientas para el análisis de datos genéticos y evolutivos.

Esto es un breve resumen de lo que se puede hacer con las librerías mencionadas en el presente artículo.