La llegada al pontificado en 1464 de Paulo II (el veneciano Pietro Barbo) hizo que Andrea se trasladara desde el norte de Italia a Roma, donde tendrá gran éxito y recibirá encargos de todos los papas sucesivos: Sixto IV, Inocencio VIII, Alejandro VI, Pío III y Julio II.
Julio II le encargó el sepulcro del cardenal Cristoforo Della Rovere (fallecido en 1479) y el monumento fúnebre del cardenal Domenico della Rovere (muerto en 1501).
Con Luigi Capponi realizó el sepulcro de Filiberto della Valle en Santa Maria in Aracoeli; en Santa Práxedes se conserva el sepulcro del cardenal Alano (1474).
Hacia 1496, cuando Andrea Bregno se encontraba en lo más alto de su prestigio, conoció en Roma a un joven escultor toscano, Miguel Ángel.
Ambas obras fueron continuadas por Donato Bramante que, en el caso de Santa Maria del Popolo, introdujo importantes modificaciones en el ábside (donde está situado el coro conventual).
Su tumba se encuentra en la iglesia romana de Santa María sopra Minerva.
El busto del artista seguramente es obra de Luigi Capponi (1506) y en el epitafio se le compara con el escultor griego Polícleto, prueba de la gran reputación que adquirió este artista.
Agri Comens./ Statuario celeberrimo cognomento/ Polycleto qui primus celandi artem/ Abolitam ad exemplar major.