Pasa cinco años en prisión, donde estudia Botánica y Geología, y tutora a los hijos del personal penitenciario; uno de esos discípulos estudiantes era John Torrey, más tarde un distinguido botánico.
En esta acción, Eaton ocupa un año en la Yale University estudiando Botánica, Química, Mineralogía con Benjamin Silliman y Eli Ives.
En 1817, publica su Manual of Botany for the Northern States (672 p.) la primera flora del área; con ocho ediciones.
Retorna a Nueva York en 1817, donde DeWitt Clinton le arregla una serie de conferencias a la Legislatura de Nueva York State sobre la geología del Estado, en conexión con la construcción del canal Erie.
Bajo su liderazgo, Troy, NY rivalizaba con Londres, Inglaterra como centro de estudios geológicos en la primera parte del siglo XIX.