[1]​ En este último caso, la amenorrea no es el diagnóstico, sino que es un síntoma de una enfermedad anatómica, genética o neuroendocrina.

Se define clásicamente amenorrea secundaria, como la ausencia de menstruación durante tres meses o más en mujeres que previamente han menstruado, sin embargo, para efectos de diagnóstico y tratamiento esta clasificación no es muy útil.

[1]​ En la mujer en edad reproductiva las dos principales causas de amenorrea son el embarazo y la lactancia.

Cualquier alteración en los órganos que regulan la menstruación (Sistema nervioso central, hipotálamo, hipófisis, ovarios, útero, vagina) puede conducir a la ausencia de regla.

El himen puede tener un tono azulado, además la mujer refiere dolores mensuales (coincidentes con la descamación de la menstruación).

La destrucción del endometrio puede haberse producido por diversos motivos; por radiación, infecciones, cauterizaciones o legrados mal realizados.

En este cuadro la regla aparece para, después de un periodo variable, ir desapareciendo, dando una oligomenorrea que más tarde termina en amenorrea.

Debido a esto, no son extrañas las referencias al cuadro como menopausia precoz o fallo ovárico prematuro.

Si la pérdida fuera muy rápida pueden llegar a originar amenorreas primarias e incluso déficit en el desarrollo de los caracteres sexuales secundarios.

En este caso, los ovarios contienen muchos folículos primordiales, esto hace que algunos médicos lo consideren una falsa menopausia precoz.

Aunque la mayoría sean benignos, si se extienden pueden llegar a comprimir el quiasma óptico y originar problemas en la visión.

Existen diversos tipos:[15]​ Las alteraciones de la función suprarrenal pueden producir una disregulación neurohormonal del ciclo menstrual y llevar a amenorrea.

En la enfermedad de Addison o hipofunción suprarrenal entre sus síntomas característicos a veces puede aparecer también la amenorrea.

La enfermedad celíaca (EC) no diagnosticada ni tratada es una causa poco conocida de amenorrea.

Entre los posibles síntomas no clásicos de la EC se encuentran diversos trastornos relacionados con la fertilidad, como la amenorrea.

[21]​ Los mecanismos por los que la EC provoca estos trastornos no están claros, si bien se han propuesto algunas hipótesis.

[22]​ Una segunda hipótesis sería la deficiencia de macro y/o micronutrientes,[22]​ tales como hierro, ácido fólico y zinc.

El tratamiento médico se basa en agonistas dopaminérgicos como la bromocriptina, la cabergolina y la quinagolida (la pergolida también ha demostrado cierta utilidad).

Los agonistas dopaminérgicos son la primera opción terapéutica tanto en las hiperprolactinemias idiopáticas como en las de causa tumoral (prolactinoma).

Si la mujer desea tener descendencia, la bromocriptina será siempre la opción inicial, dada su amplia experiencia de inocuidad durante el uso accidental en el embarazo.

El tratamiento quirúrgico es otra posibilidad en casos de adenomas con desarrollo suprasellar o intrasellares macroscópicos en pacientes que desean la gestación.