Amelia y su esposo tuvieron tres hijos: En 1889, Amelia de Orleans se convirtió en reina de Portugal junto con su esposo al morir su suegro.

El 1 de febrero de 1908, a su regreso a Lisboa, la familia real sufrió un atentado en la Plaza del Comercio de Lisboa, en el cual resultaron muertos el rey, de forma instantánea, y el príncipe real, veinte minutos después; el infante Manuel resultó herido leve y la reina, milagrosamente ilesa, a pesar de haber defendido a sus hijos, golpeando a los asesinos.

Existen numerosas teorías respecto a los organizadores del atentado, aunque todo son conjeturas, dado que los regicidas murieron en su lucha por no ser atrapados y que el proceso fue convenientemente olvidado tras la proclamación de la república.

Amelia se convirtió en tutora del nuevo rey.

Muchos años después, en los años 50[1]​ del siglo XX y poco antes de su muerte, la reina fue autorizada a volver a Lisboa, donde pudo visitar las tumbas de su esposo e hijos.