Cuando los bandidos supieron que era el famoso "Don Bosyong", que había salvado a muchos de sus amigos y defendido a los pobres en numerosos juicios, inmediatamente se disculparon y lo liberaron.

Tres días después de la reunión, Rizal fue arrestado por órdenes del Gobernador de Filipinas, el general Eulogio Despujol y Dusay y deportado a Dapitan, Zamboanga del Norte, disolviéndose la Liga.

[3]​ Sus miembros más conservadores, entre ellos Bautista, organizaron un "Cuerpo de Compromisarios", aportando fondos para financiar La Solidaridad.

Finalmente, tras concluir los investigadores que la rebelión "no era en realidad contra España, sino una petición ciega y desesperada de reformas" en Filipinas, fue puesto en libertad.

Más tarde, una segunda orden de arresto en su contra fue lo que permitió a las autoridades comprobar que Bautista estaba realmente involucrado en la lucha, aunque esta vez los agentes de la ley no pudieron encontrarlo.

[2]​ Bautista no sólo actuó como asesor de Aguinaldo, sino que también redactó varios documentos estatales importantes.

Como miembro destacado del Congreso Revolucionario en Malolos, Bautista demostró su inteligencia durante las deliberaciones sobre los temas más importantes.