En 1871 recibió el título de Bachiller en Artes, y en este mismo año se embarcó para España.

Publicó otros ensayos como El problema político de Filipinas, Los Itas, El cristianismo en la antigua civilización tagala, El barangay, etc.

Durante el mando del general Fernando Primo de Rivera, negoció con Emilio Aguinaldo y los principales jefes revolucionarios el memorable Pacto de Biak-na-Bató.

Hecho prisionero por los estadounidenses en Benguet, fue trasladado en principio a San Fernando de La Unión, y más tarde a Manila, donde permaneció recluido hasta que se dictó la primera amnistía.

Tras la retirada de los españoles y la ocupación estadounidense, Paterno dio apoyo a los segundos, al tiempo que se mostraba agradecido a España por los aspectos positivos de la colonización, todo ello como fundador y editor del periódico nacionalista "La Patria".