Entretanto, se dedicó al transporte marítimo, viajando mucho y lejos de su tierra.

En 1896 el Katipunan logró incitar al estallido de la guerra revolucionaria, durante la cual Aguinaldo tomó parte en varios encuentros militares y logró liberar su provincia del control español; el éxito en los mismos le granjeó tal popularidad entre los revolucionarios que en las elecciones posteriores a la toma del poder fue elegido presidente de la República naciente.

Al enterarse Bonifacio de los acontecimientos, intentó impugnar la elección para asegurar su propia continuidad en el poder.

El pacto fue ratificado, y Aguinaldo se exilió en Hong Kong, donde empleó los 400 000 pesos pagados como indemnización por España para obtener armamento.

Aguinaldo dirigió a las tropas filipinas contra las fuerzas superiores de los ocupantes.

Durante la ocupación japonesa, Aguinaldo colaboró con estos para obtener apoyo popular para los ocupantes; trasmitió mensajes, discursos y declaraciones radiales exhortando al pueblo que colaborara con el gobierno colaboracionista del presidente José P. Laurel, y dirigió un pedido de rendición al general Douglas MacArthur «para no causar más daños a la juventud filipina».

En 1945 fue liberado por medio de un indulto general emitido por el nuevo Gobierno filipino.

En las siguientes elecciones, Quirino triunfó contra José P. Laurel y nombró a Aguinaldo miembro del Consejo de Estado; en ese cargo Aguinaldo logró grandes beneficios para los veteranos de la lucha por la independencia.

Se retiró nuevamente a la vida privada al fin del término, tras la elección de Ramón Magsaysay como presidente.