Cuando Japón invadió Filipinas, el presidente Manuel L. Quezon primero huyó a Bataan y luego a Estados Unidos para establecer un gobierno en el exilio.
Quezon le ordenó a Laurel, Vargas y otros miembros del gabinete que se quedaran.
Laurel estaba entre los funcionarios de la Mancomunidad instruidos por el Ejército Imperial Japonés para formar un gobierno provisional cuando invadieron y ocuparon el país.
Tras el desembarco en Leyte de las fuerzas dirigidas por el general Douglas MacArthur el 20 de octubre de 1944 que progresaron hasta la capital Manila, el gobierno de Laurel se vio forzado al exilio en Taiwán y después en Japón, donde Laurel proclamó la disolución del régimen tras la rendición incondicional japonesa en septiembre de 1945.
En 1946 fue acusado de 132 cargos de traición, pero nunca fue llevado a juicio debido a la amnistía general otorgada por el presidente Manuel Roxas en 1948.