En 1888, se crea en Madrid la Asociación Hispano-Filipina, una organización compuesta por filipinos y españoles, en la que Ponce ocupa el cargo de secretario.

[3]​En él, Ponce escribió sobre viajes, política e historia bajo los seudónimos Kalipulako[nota 2]​ y Naning.

[2]​ En abril de 1889, el nacionalista filipino Graciano López Jaena organiza la Logia Revolución en Barcelona, bajo los auspicios del Gran Oriente Español, con Mariano Ponce como secretario.

Su misión implicaba una evaluación de la visión y posición del Japón imperial con respecto a la revolución filipina y una posible ayuda para proteger la independencia filipina en el caso de que Estados Unidos intentara anexionarse el país.

En Japón conoció a su esposa, Okiyo Udanwara, con quien tuvo cuatro hijos.