Sin embargo tanto Arellano como su sucesor, Román Basa, apenas lograron hacer crecer la "Sociedad" debido a su inmovilismo burgués.

Se le apodó el título de “Supremo” del Katipunan, y, más adelante, logró establecer un gobierno revolucionario (Pamahalaang Mapaghimagsik).

Cuando los revolucionarios efectuaron una elección para la república naciente en Tejeros, Cavite, Emilio Aguinaldo fue elegido presidente, mientras que a Bonifacio se le nombró director del Interior.

Estos hechos desembocaron en una escaramuza, en la que el hermano de Andrés, Procopio Bonifacio resultó herido.

Ante estos hechos, Bonifacio y sus seguidores se fugaron del sitio, pero fueron capturados tanto él como su hermano.