El Alto Chicamocha se puede dividir en las siguientes zonas geográficas:[1][2] En la mayor parte del Alto Chicamocha, la vegetación se ha transformado casi en su totalidad, debido al predominio del minifundio y a la sobreexplotación de las tierras por la ganadería, la agricultura y la minería.
Sin embargo, en las montañas que rodean al valle todavía se encuentran algunos relictos de bosques donde las principales especies presentes son: aliso, ensenillo, arrayán, cucharo, raque, juco, tumo esmerado, cordoncillo, cucubo, mora, siro, chilco, bejuco pencoso y curuba nativa.
De mamíferos: Fara o Chucha mantequera, Zorro, Comadreja, Conejo, Murciélago, Runchas y la Rata.
Se pueden encontrar diversas especies vegetales como: Fique, Aliso, Salvio, Tuna o penco, Dividivi, Arboloco, Cortadera, Cañabrava, Junco, Sietecueros, Mortiño, Zarzamora, Cerezo, Lenguavaca, gurrubo, etc. se presenta vegetación exótica en los bordes de ríos y colinas que son utilizados como cercas vivas, como sauces, ciprés, roble, tabe, urapanes acacias, eucalipto y pino.
Helechos, Cilantrillo, Cola caballo, Hierba, Lianas, Candelero, Bejuco, Espino de Oro, Aliso, Cardón, Quiche, Dividivi, Zarcillejo, Garrancho, Penco - Tuna, Hauyamo, Viravira, Paico, Sanalotodo, Margarita, Granizo, Frailejón, Romero, Chicoria, Gamuzo, Diente de león, Chupa huevo, Cortadera, Estrella, Raque, Pegamosco, Uva de Monte, Roda monte, Pinito, Trompetillo, Drago, Mangle, Trébol, Carretón, Pegapega, Duraznillo, Chusque, Kikuyo, Lunaria, Junco, Matapalo, Injerto, Sietecueros, Tuno, Cucharo, Arrayán, Orquídea, Curaba, Planten, Barbasco, Fresa, Mortiño, Mora, Lulo, Yerba mora, Oreja de ratón, Chipaca, Junco, Valeriana, etc.
También se encuentran hierbas medicinales, ornamentales y aromáticas como: Borraja, Sauco, Papayuela, Paico, Manzanilla, Ajenjo, Caléndula, Viravira, Higuerilla, Mejorana, Tomillo, Menta, Yerbabuena, Toronjil, Llantén, Granado, Uchuba, Apio, Perejil, Cilantro, Hinojo, Borrachero, Eneldo, Ortiga, Valeriana, Cidrón, Sanguinaria, Verbena, etc. De las plantas ornamentales se puede nombrar, entre otras, las siguientes: Quiche, Begonia, Teresitas, Sietecueros, Clavitos, Chulco, Orquídea, Suches, Arboloco, Raque, Borrachero, etc. Para aprovechar el potencial agrícola del Alto Chicamocha, en 1998 se construyó el Distrito de Riego y Drenaje del Alto Chicamocha, cuyo objetivo era dotar a los valles del Alto Chicamocha de un gran sistema de riego y drenaje para transformar la vocación poco productiva que se tenía en el valle (donde predominaba la ganadería semi-intensiva) a un esquema de agricultura extensiva, proyectada principalmente hacia la producción de frutas y hortalizas.