Al cabo del periodo acordado, en 1576, el cabildo solicitó a Tovar continuar en el cargo, a lo el maestro se negó.

El 19 de septiembre de ese año ambas parte liquidan sus deudas, partiendo el maestro hacia Sigüenza.

[1]​ En la Catedral de Sigüenza permanecería en la capilla en la función de músico y en 1602, tras la partida del maestro Juan García Garay, ocuparía brevemente el cargo de forma interina hasta el nombramiento del sucesor, Esteban Guerra Álvarez.

Durante este breve tiempo Tovar tuvo algunos problemas con el cabildo, que sin embargo lo había nombrado «capellán del doctor» y «teniente de Maestro de Capilla» cinco años más tarde.

[1]​[2]​[5]​ Según José López Calo no se conservan composiciones de este autor.