A su regreso a España, como adelantado y capitán mayor de Murcia, intervino en la expulsión de los moriscos de la comarca.
[3] En el desempeño de sus funciones aseguró la lealtad de los indígenas filipinos racionalizando la carga de trabajo a la que los españoles les tenían sometidos, veló por la seguridad del galeón de Manila variando su ruta en altamar, impulsó la construcción naval y reforzó las fortificaciones de Cavite en previsión de ataques por parte de corsarios holandeses y piratas chinos.
[7] La oposición que los oidores de la Real Audiencia de Manila presentaron a la autoridad del gobernador sería un obstáculo importante a la gestión de Fajardo, hasta el punto de que este solicitaría, infructuosamente, a Felipe IV la supresión de la Audiencia.
Tras su muerte, tomó el gobierno de las islas la Real Audiencia de Manila y Jerónimo de Silva asumió el mando militar hasta la llegada del nuevo gobernador Fernando de Silva.
Su sobrino Diego Fajardo Chacón fue también el XIX gobernador y capitán general de Filipinas.