Allí, en 1956, se convirtió en secretario regional del Partido Comunista.

Los congresos XIII, XIV, XV, XVI y XVII lo reeligieron.

El motivo fue la declaración de Indra sobre la proyectada línea ferroviaria del tipo ALWEG en los Altos Tatras.

Pero Indra no avanzó mucho en este tema en las siguientes semanas.

Zdeněk Jičínský señaló retrospectivamente las tácticas dilatorias de Indra en sus memorias.

Sin embargo, esta intención fracasó porque los opositores a la ocupación prevalecieron en el Comité Central del Partido Comunista y emitieron una opinión en apoyo de la dirección legítima del estado y el partido.

[5]​ Después del final de las negociaciones entre los líderes checoslovacos y soviéticos, que resultaron en la firma del Protocolo de Moscú, tuvo un infarto y no regresó a Checoslovaquia hasta unas semanas después.

[2]​ Sin embargo, en relación con el proceso de normalización, su influencia en la política del KSČ volvió a crecer.

Sin embargo, al mismo tiempo, según el historiador Jan Rychlík, se puede observar la tendencia de Gustáv Husák a marginar a los miembros de la ultraizquierda colaboradora prosoviética.

[1]​ Alois Indra sirvió durante mucho tiempo en las más altas legislaturas.