El AJEMA es nombrado por el rey a propuesta del ministro de Defensa tras deliberación del Consejo de Ministros.

La Jefatura estaba reservada a oficiales con cargo mínimo de contraalmirante.

En diciembre de 1902 se creó el Estado Mayor Central de la Armada (EMCA), cuyo titular volvía a ser un jefe bajo la denominación jefe del Estado Mayor Central.

Durante la Guerra Civil, cada bando estableció su Estado Mayor.

[11]​ Tras el final de la Guerra Civil, el franquismo volvió a dividir los ministerios destinados a la defensa en tres, uno para cada ejército y mantuvo el Estado Mayor de la Armada hasta nuestros días, con el jefe o almirante jefe de Estado Mayor de la Armada al frente.