Según testigos, en ese período fue interrogado y torturado intensamente.
Durante su detención, la DINA lo obligó a firmar cheques de su cuenta corriente los que posteriormente fueron cobrados por otras personas.
Sus aprehensores se quedaron con su automóvil Citroën Yagán.
Su familia realizó numerosas diligencias y averiguaciones para dar con su paradero, pero todas resultaron infructuosas y aún desconocen la suerte que Alfredo Rojas Castañeda corrió en manos de la DINA.
Al momento de su desaparición, era casado y tenía 3 hijos.