Prosigue sus estudios en Berlín, Erlangen, Viena y Breslau.
Publica sus observaciones en cuatro volúmenes con el título Reise in den äussersten Norden und Osten Sibiriens (1848-1875), donde describe los efectos del permafrost sobre la fauna y la flora.
Y continua hasta su retiro en 1860.
Se interesó por la migración de las aves en Rusia, en su obra Die Isepiptesen Russlands, 1855.
La abreviatura Middendorff se emplea para indicar a Alexander Theodor von Middendorff como autoridad en la descripción y taxonomía en zoología.