Tras la revolución de Octubre, fue designado por el comisario especial contra la contrarrevolución en el Sur de Rusia Vladímir Antónov-Ovséyenko para una operación especial para organizar la Guardia Roja del Kubán.Avtonómov era apoyado por Iván Sorokin, que había participado en la defensa de Yekaterinodar junto a él.La autoridad civil decidió destituirle y nombrar en su lugar un estado mayor de defensa constituido por siete bolcheviques.Entre ambas facciones se inició un intercambio de acusaciones, y las tropas, reunidas frente a Kushchóvskaya en asamblea, decidieron reclamar a Moscúla restitución del mando a Avtonómov y el cese del estado mayor y de la intervención de las autoridades civiles.Avtonómov no regresaría al Kubán: por mandato de Trotski fue enviado al óblast del Térek como comandante general, por lo que sería visto por Stalin como un protegido de Trotski.
