[1]​ Contrajo matrimonio con su prima Alejandra Macabea, hija de su tío, Hircano II.

[2]​ Su abuelo fue Alejandro Janneo, el segundo hijo por edad de Juan Hircano I.

Alejandro fue hecho prisionero con su padre y su hermano Antígono Matatías por el general romano Pompeyo, en la captura de Jerusalén del 63 a. C., pero escapó cuando eran transportados a Roma.

El tío de Alejandro Hircano II (con quien Aristóbulo II estaba enfrentado) solicitó ayuda a Aulo Gabinio, quién desplazó un gran ejército contra Alejandro, y envió a Marco Antonio con una unidad militar de avanzadilla.

El espíritu de sus seguidores, sin embargo, no quedó del todo aplastado, ya que en el año 53 a. C., a la muerte de Craso, volvió a reunir algunas fuerzas, pero se vio obligado a aceptar los términos de Cayo Casio Longino en el 52 a. C. En el 49 a. C., cuando estalló la guerra civil, Julio César liberó al padre de Alejandro, Aristóbulo II, y lo envió a Judea para promover sus intereses allí.