Durante este período, estudió Humanidades y obtuvo el título de Bachiller.

A sus 18 años tuvo que interrumpir sus estudios para ir al frente de combate en la guerra civil española.

[3]​ Después de su ordenación, solicitó ser trasladado a China para cumplir con su vocación misionera.

[4]​ Fue enviado a la Amazonía ecuatoriana, donde los misioneros capuchinos habían establecido una misión en medio de la selva.

[5]​ En ese mismo año, participó en la cuarta sesión del Concilio Vaticano II.

En 1967 obtuvo la nacionalidad ecuatoriana[4]​ por naturalización, lo que le permitió trabajar en la selva amazónica y desarrollar su labor misionera con mayor libertad.

En diciembre de 1977, fue adoptado como hijo por los líderes Huaorani, Inihua y Pahua,[7]​ lo que profundizó su relación con la comunidad.

Aunque en un principio parecía que no querían matarla, un joven guerrero atravesó su cuerpo con una lanza, y otros tres lo imitaron.

Así, en medio de la selva, quedaron tendidos dos cuerpos desangrados: el del obispo, desnudo, recordando a Jesús en la cruz.

[12]​ El cuerpo del obispo y de la religiosa fueron recuperados al día siguiente en una operación muy difícil.

[14]​ La minuciosa limpieza y preparación de los cuerpos acribillados fue una tarea interminable.

En su honor, se han levantado varios monumentos y centros dedicados a la preservación de la selva y la defensa de los derechos indígenas en Ecuador, como la Fundación Alejandro Labaka.

La ceremonia fue presidida por el papa Benedicto XVI, quien colocó las reliquias de cada mártir en su respectivo altar.